WortmanninとLY294002はいずれもPI3K阻害剤であり、PI3K/ACTシグナル伝達経路を調節することにより、タンパク質の機能と相互作用を制御する下流のプロセスに影響を与えることができる。PD032991はCDK4/6阻害剤として、細胞周期機構に影響を与え、細胞周期制御に関連するタンパク質を制御する可能性がある。SB431542によるTGF-β受容体の阻害は、SMADシグナル伝達経路を調節し、それによってこの経路に依存するタンパク質相互作用に影響を与える可能性がある。
ZM447439が標的とするオーロラキナーゼは細胞分裂に不可欠であり、その阻害は有糸分裂プロセスに関連するタンパク質を変化させる可能性がある。SP600125はJNKに作用し、ストレス活性化プロテインキナーゼ経路を調節し、細胞ストレスシグナルに反応するタンパク質の機能に影響を与えることができる。Y-27632とU0126は、それぞれROCKとMEKを標的とし、両者は細胞骨格とERK/MAPKシグナル伝達経路に影響する経路に関与している。DNAメチルトランスフェラーゼに対する5-アザシチジンの作用は、遺伝子発現に変化をもたらし、タンパク質レベルに影響を与える可能性がある。MG132のプロテアソーム阻害作用は、タンパク質の分解を阻害することでタンパク質を安定化させ、活性に影響を与える。DAPTのγセクレターゼ阻害はノッチシグナル伝達経路に影響を与え、この調節はこの経路内でのタンパク質の相互作用に影響を与える可能性がある。ラパマイシンのmTOR阻害は、タンパク質合成に大きな影響を与え、それによって合成速度に敏感なタンパク質の活性を調節することができる。
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