Wortmannin und LY294002 sind beides PI3K-Inhibitoren; durch Modulation des PI3K/AKT-Signalwegs können sie die nachgeschalteten Prozesse beeinflussen, die die Funktion und Interaktion von Proteinen regulieren. PD0332991 kann als CDK4/6-Inhibitor die Zellzyklusmaschinerie beeinflussen, die wiederum Proteine regulieren könnte, die mit der Zellzykluskontrolle in Verbindung stehen. Die Hemmung des TGF-β-Rezeptors durch SB431542 kann die SMAD-Signalwege modulieren und sich dadurch auf Proteininteraktionen auswirken, die von diesem Weg abhängig sind.
Die Aurora-Kinase, auf die ZM447439 abzielt, ist ein wesentlicher Bestandteil der Zellteilung, und ihre Hemmung kann Proteine verändern, die mitotische Prozesse betreffen. SP600125 wirkt auf JNK und moduliert stressaktivierte Proteinkinasewege, die die Funktion von Proteinen beeinflussen können, die auf zelluläre Stresssignale reagieren. Y-27632 und U0126 zielen auf ROCK bzw. MEK ab, die beide in Wege involviert sind, die das Zytoskelett und den ERK/MAPK-Signalweg beeinflussen; diese können weitreichende Auswirkungen auf die Proteinaktivität haben. Die Wirkung von 5-Azacytidin auf die DNA-Methyltransferase kann zu Veränderungen in der Genexpression führen, die sich möglicherweise auf den Proteingehalt auswirken. Die Proteasomhemmung von MG132 kann Proteine stabilisieren, indem sie ihren Abbau verhindert, was ihre Aktivität beeinflusst. Die Hemmung der Gamma-Sekretase durch DAPT kann den Notch-Signalweg beeinflussen, und diese Modulation kann sich darauf auswirken, wie Proteine innerhalb dieses Weges interagieren. Die Hemmung von mTOR durch Rapamycin kann sich erheblich auf die Proteinsynthese auswirken und dadurch die Aktivität von Proteinen modulieren, die auf die Syntheserate angewiesen sind.
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