よく知られたmTOR阻害剤であるラパマイシンは、タンパク質合成の制御に関与する重要な経路の活性を低下させることができるので、C16orf54を含む細胞内のタンパク質レベル全体を低下させることができる。同様に、幅広いプロテインキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、複数のシグナル伝達経路に干渉し、間接的にC16orf54を制御している可能性のあるタンパク質のリン酸化状態を変化させることによって、C16orf54の活性を低下させる可能性がある。シクロヘキシミドとアクチノマイシンDは、それぞれタンパク質合成と転写の阻害剤であり、それらの作用は、C16orf54を含む可能性のある広範囲のタンパク質の発現レベルの減少をもたらす可能性がある。
MG132やクロロキンのような化合物は、タンパク質の分解や細胞内輸送経路を破壊し、C16orf54を含むタンパク質の蓄積や誤局在を引き起こす可能性がある。対照的に、レチノイン酸とWnt-C59は、それぞれ核内受容体の活性化とWntシグナルの阻害を通して遺伝子発現を調節し、その結果、C16orf54をコードする遺伝子を含む遺伝子の発現が変化する可能性がある。PD98059とY-27632は、それぞれMAPK/ERK経路とRho関連プロテインキナーゼの特異的阻害剤であり、細胞シグナル伝達と細胞骨格構成に介入する能力を示し、それによってC16orf54の発現や機能を調節する可能性がある。
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