C12orf40の化学的阻害剤には、このタンパク質の機能的活性を阻害するために、様々なシグナル伝達経路を標的とする幅広い化合物が含まれる。強力なキナーゼ阻害剤であるスタウロスポリンは、C12orf40のシグナル伝達経路内のタンパク質のリン酸化レベルを低下させ、機能的阻害をもたらす。同様に、ゲニステインはチロシンキナーゼを標的とすることで、C12orf40の活性に不可欠なリン酸化を防ぐことができる。LY294002とWortmanninはPI3K阻害剤として機能し、C12orf40の活性に影響を与える可能性のあるPI3K/ACT経路を阻害することができる。この阻害剤は、C12orf40の活性に影響を与える可能性のあるPI3K/AKT経路を阻害し、C12orf40の機能的活性を抑制することができる。
PD98059やU0126のようなMEK阻害剤は、MAPK/ERK経路を障害することができ、C12orf40がそのシグナル伝達に利用すれば、タンパク質の活性低下につながる。これは、C12orf40の機能にとって重要なキナーゼであるERKの上流活性化を妨げることによって達成される。さらに、ラパマイシンはmTOR経路を特異的に阻害することにより、C12orf40が関与している可能性のあるタンパク質合成や細胞増殖過程に影響を与えることができる。SP600125のようなJNKシグナル伝達阻害剤やSB203580のようなp38 MAPキナーゼ阻害剤は、C12orf40の機能的活性に必要かもしれない転写因子や他の下流標的のリン酸化を防ぐことができる。最後に、ダサチニブとPP2はチロシンキナーゼ阻害剤として、C12orf40を活性化するシグナル伝達経路を妨害することができ、PD173074はFGFRを阻害することによって、C12orf40の活性に重要であると思われる下流のシグナル伝達を妨害することができる。これらの化学的阻害剤はそれぞれ、C12orf40の制御に関与する異なるシグナル伝達経路とキナーゼを調節することによって、C12orf40の機能的活性に異なる影響を及ぼすことができる。
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