C11orf16阻害剤には、様々なシグナル伝達経路や細胞プロセスを標的とすることで、間接的にタンパク質の機能活性に影響を与える様々な化合物が含まれる。mTOR阻害剤であるラパマイシンは、mTORC1複合体を破壊し、タンパク質合成に関与する標的の脱リン酸化を引き起こす。C11orf16の機能的活性は、mTOR経路によって制御される細胞増殖シグナルと関連している可能性があるので、ラパマイシンによる阻害はその活性を低下させる可能性がある。PI3K阻害剤であるLY294002とWortmanninは、細胞の生存と成長に不可欠なPI3K/Aktシグナル伝達経路の活性化を阻害する。その結果、この経路のダウンレギュレーションが起こり、C11orf16の機能がこの経路に依存していると仮定すると、C11orf16の活性が低下する可能性がある。
同様に、PD98059、SB203580、U0126は、それぞれMEK、p38 MAPK、MEK1とMEK2の阻害剤であり、MAPK/ERK経路とストレス刺激に対する応答を阻害する。このことは、C11orf16がこれらの経路によって制御されているか、またはこれらの経路に依存している場合、C11orf16の活性低下につながる可能性がある。ボルテゾミブは、プロテアソームを阻害することにより、ミスフォールドしたC11orf16の蓄積を引き起こし、分解経路の障害を通じて間接的にその活性を低下させる可能性がある。スニチニブとソラフェニブは、それぞれ受容体チロシンキナーゼ阻害剤とマルチキナーゼ阻害剤であるが、血管新生と細胞増殖シグナル伝達の低下を通じてC11orf16の活性を低下させる可能性がある。最後に、ダサチニブがSrcファミリーキナーゼを阻害し、細胞遊走と生存シグナルに影響を及ぼすことで、C11orf16がSrcを介するシグナル伝達に依存している場合、C11orf16の活性が低下する可能性がある。
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