BEND3阻害剤として分類される化学物質は、主にクロマチン構造と機能に影響を与えることによって、間接的なメカニズムでBEND3の機能を調節できる化合物である。BEND3はクロマチン構造と遺伝子発現制御に関与していると考えられている。したがって、クロマチン構造やエピジェネティックマークを変化させる化合物は、その基質であるクロマチンそのものやエピジェネティックランドスケープを変化させることにより、間接的にBEND3の機能を調節することができる。
5-アザ-2'-デオキシシチジンやRG108のようなDNAメチルトランスフェラーゼ阻害剤は、メチル化状態を変化させることによって、ゲノムのメチル化領域へのBEND3のリクルートを阻害し、それによって遺伝子発現におけるBEND3の役割に影響を与える可能性がある。トリコスタチンA、ボリノスタット、酪酸ナトリウム、バルプロ酸などのヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、ヒストンのアセチル化レベルを変化させ、クロマチン構造に影響を与え、クロマチン構造を維持するBEND3の能力を阻害する可能性がある。クロロキンやミトラマイシンAのような化合物は、DNAにインターカレートしたり結合したりすることで、BEND3と標的DNA領域との適切な結合を阻害し、クロマチン組織化や転写調節におけるBEND3の機能に影響を与える可能性がある。エトポシドは、DNAトポイソメラーゼIIを標的とすることで、クロマチン動態を変化させ、高次クロマチン構造に関連するBEND3の機能に間接的に影響を与える可能性がある。ゲニステインやクルクミンのような他の化合物は、様々なシグナル伝達経路を調節し、転写因子やクロマチンリモデリング複合体に影響を与える可能性があり、その結果BEND3の機能に影響を与える可能性がある。ジスルフィラムは、プロテアソーム活性や金属イオンのホメオスタシスに影響を与えることで、間接的にBEND3のクロマチンリモデリング機能への参加に影響を与える細胞環境をもたらす可能性がある。
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