Atg9bの化学的阻害剤は、オートファジー経路の様々な段階を標的とし、その機能を阻害する。3-メチルアデニンとWortmanninは共に、オートファジーの開始に不可欠な酵素であるクラスIIIホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)の阻害剤である。これらの阻害剤はオートファゴソームの形成を阻害し、オートファゴソーム膜へのAtg9bの取り込みを阻害する。同様に、もう一つのPI3K阻害剤であるLY294002は、Atg9b活性の前提条件である小胞の核形成プロセスを阻害する。それぞれVps34複合体とVps34 PI3Kを特異的に標的とするSAR405とPIK-IIIは、オートファジー小胞の核形成に決定的な影響を与え、Atg9bの機能阻害につながる。スパウチン-1は、PI3Kの分解を促進し、オートファジー経路を破壊することによって間接的にAtg9bを阻害し、それによってオートファゴソーム形成におけるAtg9bの役割に影響を与える。
さらに、ヒドロキシクロロキンもクロロキンもリソソームのpHを上昇させ、Atg9bが関与するオートファゴソームの分解を阻害する。このpHの変化は、オートファゴソームの成熟を阻害することにより、間接的にAtg9bの機能を阻害する。バフィロマイシンA1とコンカナマイシンAは、ともにV-ATPase阻害剤であり、オートファゴソームとリソソームの融合に重要なリソソームの酸性化を妨げ、オートファジー流束を阻害することによって間接的にAtg9bを阻害する。mTOR阻害剤であるTorin 1とKu-0063794は、初期にはオートファジーを誘導するが、長期間さらされると、オートファゴソームの成熟を阻害する。このような正常なオートファジーのプロセスの阻害は、オートファゴソーム成熟におけるAtg9bの役割を阻害することにより、Atg9bを機能的に阻害する役割を果たし、上流のオートファジーのシグナルと細胞状態の調節がいかにAtg9bの機能的阻害につながるかを示している。
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