ACOT6活性化剤は、脂質代謝における酵素活性を増強するために、多様な生化学的メカニズムを用いる。ある種の活性化因子は、細胞内のサイクリックAMP(cAMP)レベルを上昇させ、その結果プロテインキナーゼAを活性化する。このキナーゼは転写因子をリン酸化し、ACOT6の発現と酵素活性を上昇させる。さらに、他の活性化因子によってACOT6基質の細胞内濃度が上昇し、加水分解により多くの分子を供給することでACOT6を直接刺激する。これはACOT6のアロステリックな活性化につながり、脂肪アシル-CoAチオエステルの分解を触媒する能力を高める。
さらに、脂肪酸のミトコンドリアへの輸送を担う酵素を阻害する活性化剤は、アシル-CoAの蓄積をもたらし、その結果、これらの基質を加水分解するACOT6の活性を間接的に上昇させる。さらに、NAD+レベルを上昇させることが知られている特定の化合物は、サーチュインを活性化し、ACOT6をアップレギュレートする転写因子を脱アセチル化して活性化する可能性がある。ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体のアゴニストは、さらにACOT6の転写アップレギュレーションに寄与し、酵素発現の増加とそれに続く代謝活性の上昇をもたらす。
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