アシル-CoAチオエステラーゼ3の化学的阻害剤は、タンパク質の活性を低下させるために様々なメカニズムを利用する。トリアクシンCは、長鎖アシル-CoA合成酵素を阻害することによってアシル-CoAの生合成経路を直接標的とし、アシル-CoAチオエステラーゼ3の酵素機能に必要なアシル-CoA基質の利用可能性を低下させる。同様に、AICARはAMP活性化プロテインキナーゼを活性化し、脂肪酸酸化を促進し、その結果、アシル-CoA基質が枯渇し、アシル-CoAチオエステラーゼ3活性が低下する。ニコチン酸は、脂質の遊離脂肪酸への分解である脂肪分解を阻害することによって上流で作用し、その結果、アシル-CoA分子の産生を低下させる。このようにして、ニコチン酸は間接的にアシル-CoAチオエステラーゼ3が利用できる基質を制限する。
ペルヘキシリン、エトモキシル、オキソフェニシン、およびマロニル-CoAは、アシル-CoAをβ酸化のためにミトコンドリアに輸送するのに重要な酵素であるカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ-1(CPT-1)を阻害するという共通のメカニズムを持つ。この阻害により、アシル-CoAが細胞質内に蓄積する。その結果、大量のアシル-CoAがアシル-CoAチオエステラーゼ3を飽和させ、基質阻害によりその機能を阻害する。一方、ミルドロネートはガンマ-ブチロベタインヒドロキシラーゼを阻害し、カルニチンの合成を減少させ、それによってミトコンドリアへのアシル-CoAの輸送を減少させ、その基質を制限することによって間接的にアシル-CoAチオエステラーゼ3の活性を低下させる。ググルステロンは脂質代謝に影響し、アシル-CoAの合成を減少させ、その結果、基質の利用可能性を減少させることにより、アシル-CoAチオエステラーゼ3の活性を低下させる。フェノフィブラートは、脂肪酸酸化を制御するペルオキシソーム増殖剤活性化受容体αを活性化し、アシル-CoAレベルの低下とアシル-CoAチオエステラーゼ3の間接的阻害につながる可能性がある。クルクミンは、アシル-CoAレベルの変化をもたらす様々な代謝経路に影響を及ぼし、ここでもアシル-CoAチオエステラーゼ3の活性に影響を及ぼす。これらの多様な化合物は、それぞれ異なる作用を通して、その基質レベルに影響を与えることにより、アシル-CoAチオエステラーゼ3活性の調節に貢献している。
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