ATP依存性クロマチンアセンブリー因子ラージサブユニット(ACF)を標的とする阻害剤は、ヌクレオソームアセンブリーとクロマチンリモデリングにおけるACFの役割を調節する上で極めて重要である。ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤のように、ヒストンの翻訳後修飾を変化させる化合物は、ヒストンのアセチル化を増加させ、その結果、クロマチン状態をより弛緩させ、ACFがクロマチンと相互作用し、ヌクレオソームを効果的に組み立てる能力を低下させる。同様に、DNAメチルトランスフェラーゼやG-Cリッチ配列結合阻害剤のように、DNAメチル化パターンやDNA結合特性に影響を与える阻害剤は、特定のゲノム遺伝子座におけるACFのリクルートとその後の活性を阻害する可能性がある。このようなクロマチンランドスケープの混乱は、ACFのクロマチンアセンブリーサービスに対する需要の減少につながる可能性がある。
さらに、ACFの機能制御は、細胞内プロセスや関連するクロマチン修飾因子の利用可能性にも影響される。プロテアソーム阻害剤、微小管破壊剤、転写因子の活性や細胞周期の進行を調節するキナーゼ阻害剤は、ACFのクロマチンアセンブリー機能に間接的な影響を与える可能性がある。これらの阻害剤は、ポリユビキチン化タンパク質の蓄積や細胞ダイナミクスの変化を引き起こし、ACFによるクロマチンリモデリングの必要性を低下させる可能性がある。RNAポリメラーゼII、ブロモドメインタンパク質、ヒストンアセチルトランスフェラーゼの阻害剤もまた、転写の変化に応答するヌクレオソームアセンブリの要求を減少させ、クロマチンリモデリングプロセスを導くエピジェネティックマークを変化させることによって、ACFの機能的活性の低下に寄与する。
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