ACF活性化因子は、様々な生化学的経路を通じて影響を及ぼし、クロマチンアセンブリとリモデリングへのタンパク質の効果的な参加を保証する。例えば、ある種の低分子は細胞内の二次メッセンジャーレベルを上昇させ、その結果、プロテインキナーゼが活性化される。これらのキナーゼはACFをリン酸化し、DNAの複製と修復に不可欠なヌクレオソームの組織化におけるACFの活性を高める。一方、特異的阻害剤は、ヒストンからアセチル基を除去してクロマチン構造を引き締める酵素を標的とする。これらの酵素が阻害されると、クロマチンはより弛緩した状態になり、ACFの作用が促進され、ヌクレオソームの移動と集合がより容易になる。
さらに、ACFの機能は、エピジェネティック・ランドスケープを調節する化合物によって間接的にサポートされている。ある種の薬剤は、遺伝物質と統合することでメチル化を抑制し、ACFが介在するアセンブリープロセスにとってより利用しやすいクロマチン構造を作り出す。また、プロテアソームの活性を阻害し、ACFの安定性と活性を助けるタンパク質の蓄積をもたらす作用もある。さらに、DNA構造に干渉する低分子は、ゲノムの完全性を維持するために、間接的にクロマチンアセンブリー因子の活性を高める必要がある。
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