繊毛・鞭毛関連タンパク質69の化学的阻害剤は、繊毛・鞭毛の組み立てと維持に重要な細胞骨格成分を標的とすることにより、繊毛・鞭毛の構造的・機能的完全性を破壊することができる。コルヒチン、ノコダゾール、ビンブラスチン、ビンクリスチン、グリセオフルビン、エポチロンB、タキソールは繊毛と鞭毛の骨格である微小管と直接相互作用する化学物質である。コルヒチンとノコダゾールは微小管の重合を阻害し、繊毛と鞭毛の適切な集合を妨げることが知られている。ビンブラスチンとビンクリスチンも同様に微小管を不安定化させ、これらの細胞小器官の構造と機能に不可欠な既存の微小管ネットワークを破壊する。グリセオフルビンは、チューブリンと結合して微小管機能を阻害することにより、阻害作用を発揮する。一方、エポチロンBとタキソールは微小管を過剰に安定化させ、正常な繊毛と鞭毛の活動に必要な動的再配列を妨げる。
アクチン細胞骨格はまた、繊毛と鞭毛に関連するタンパク質69の機能において極めて重要な役割を果たしており、その破壊はこのタンパク質の機能を阻害する結果となる。シトカラシンDとラトルンクリンBは、それぞれアクチンフィラメントとモノマーに結合し、毛様体と鞭毛の適切な組み立てに必要なアクチンの重合を阻害する。スインホライドAはアクチンフィラメントを切断し、毛様体と鞭毛の機能に必要なアクチン構造の崩壊にさらに貢献する。ブレビスタチンは、ミオシンIIを阻害することにより、繊毛と鞭毛に関連するタンパク質69の繊毛基部への正しい輸送と局在化を妨げる。さらに、キネシン-5モータータンパク質の阻害剤であるモナストロールは、有糸分裂の紡錘体形成を阻害する。この紡錘体形成は、繊毛と鞭毛関連タンパク質69の機能に不可欠な輸送機構と密接に関係しており、細胞内輸送の複雑さと、これらのオルガネラの機能維持における重要性が浮き彫りになった。
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