TrmO阻害剤として分類される化学物質は、酵素であるtRNAメチル化酵素Oを直接標的とするものではなく、TrmOの機能の上流または補助的な様々な細胞プロセスに影響を与える。これらの化合物は通常、tRNAの合成、成熟、あるいはメチル化機構そのものを阻害し、TrmO活性を間接的に低下させる。
アクチノマイシンD、リファンピシン、ミトラマイシンAはDNAに結合する化合物で、RNAポリメラーゼ活性を阻害し、TrmOの基質であるtRNAの合成を低下させる。α-アマニチンは、tRNAを含む様々なクラスのRNAを合成するRNAポリメラーゼIIとIIIを選択的に阻害する。ネプラノシンAとミコフェノール酸は、ヌクレオチドプールのバランスあるいはメチル化サイクルを破壊し、その結果TrmOのメチルトランスフェラーゼ活性に影響を与える。5-フルオロウラシル、5-アザシチジン、ゼブラリン、デシタビンなどの代謝拮抗剤は、RNA分子に取り込まれる可能性のあるヌクレオシドアナログであり、TrmOの適切な基質とならない可能性のある誤ったtRNA分子をもたらす。最後に、ヒドララジンはDNAメチル化に対する作用で知られているが、RNAメチル化パターンにも影響を及ぼす可能性があり、それによって間接的にTrmOに影響を及ぼす可能性がある。
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