C2CD6阻害剤には、カルシウムシグナル伝達経路や関連する細胞プロセスを調節することにより、C2カルシウム依存性ドメイン含有6タンパク質の機能に間接的に影響を与えることができる化合物が含まれる。これらの化合物はタンパク質の直接的なアンタゴニストではないが、C2CD6の活性を減弱させるような形で細胞環境を変化させることができる。この調節は、ベラパミル、ジルチアゼム、ニフェジピン、アムロジピンなどの分子による電位依存性カルシウムチャネルの遮断など、様々なメカニズムで起こりうる。
カルシウムシグナル伝達へのさらなる影響は、IP3受容体と貯蔵型カルシウムチャネルの両方を調節する2-APBや、カルシウムの貯蔵と小胞体からの放出を特異的に阻害するタプシガルギンやリアノジンなどの化合物によってもたらされる。TMB-8、SKF-96365およびXestospongin Cのような他の化学物質は、細胞内カルシウム放出および受容体を介したカルシウム侵入を標的とし、細胞内のシグナル伝達経路を変化させることができる。BAPTA-AMとシクロピアゾン酸は、それぞれ細胞内カルシウムをキレート化し、カルシウムポンプを阻害することによってこのクラスに寄与し、C2CD6が関与している可能性のあるカルシウム依存性メカニズムをさらに撹乱する。
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