3β-HSD5の化学的阻害剤は、酵素の機能に直接的または間接的に影響を与えることにより、ステロイド生成経路の調節において重要な役割を果たす。トリロスタンは、3β-HSD5の活性部位に競合的に結合することで際立っており、酵素がプレグネノロンをプロゲステロンに変換するのを阻害し、ステロイド生成過程を効果的に阻害する。同様に、エポスタンは3β-HSD5と共有結合することで阻害効果を発揮し、下流のステロイドホルモンの合成を触媒できなくする。シアノケトンは、3β-HSD5を不可逆的に阻害することで、NAD+結合部位を標的とし、酵素活性を永久的に失わせるという異なるアプローチをとる。メチラポンは、従来から11-β-水酸化を阻害することで知られているが、酵素の制御に重要なフィードバック機構を破壊することで、間接的に3β-HSD5活性を低下させる。
ケトコナゾールとアビラテロンは、3β-HSD5による酵素変換に不可欠なチトクロームP450酵素を標的とする。 ケトコナゾールは非選択的にこれを行うが、アビラテロンは、3β-HSD5によるアンドロゲン合成に不可欠な成分であるチトクロームP450 17A1酵素を特異的に阻害する。 アミノグルテチミドは、ステロイド前駆体の利用可能性を低下させ、3β-HSD5活性に必要な基質レベルを低下させる。テラプリストンは、酵素の発現と活性を調節するフィードバック機構の一部であるプロゲステロン受容体に拮抗することにより、間接的に3β-HSD5を阻害する。セレギリンは、その代謝物であるデスメチルセレギリンを介して、3β-HSD5の適切な機能に依存するプロセスである神経ステロイド合成を阻害する。 最後に、レトロゾール、エクセメスタン、アナストロゾールは、エストロゲン合成を減少させるアロマターゼ阻害剤であり、その結果、3β-HSD5を制御する調節機構に影響を及ぼすホルモン不均衡が生じる。エストロゲンレベルを低下させることにより、これらの阻害剤は3β-HSD5の最適な活性を助長しない生化学的環境を作り出し、ステロイド生成経路におけるこの極めて重要な酵素を機能的に阻害することになる。
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