SETX CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-402354

Übersicht

SETX (Senataxin) kodiert eine DNA/RNA-Helikase, die R-Loops und andere während der Transkription entstehende sekundäre Nukleinsäurestrukturen auflöst und dadurch die Transkriptionselongation mit der Erhaltung der Genomstabilität koordiniert. Es wirkt an der Schnittstelle zwischen transkriptionsgekoppelter DNA-Schadensantwort, Kontrolle von Replikationsstress und RNA-Prozessierung und hilft, Doppelstrangbrüche sowie abnorme Rekombinationsereignisse an aktiv transkribierten Loci zu begrenzen. Die SETX-Aktivität ist mit Signalwegen verknüpft, an denen die RNA-Polymerase II, DNA-Reparaturfaktoren und die Überwachung ins Stocken geratener Transkriptionskomplexe beteiligt sind. Eine Fehlregulation oder Mutation von SETX ist mit neurodegenerativen Phänotypen und Syndromen der Genominstabilität assoziiert und macht das Gen zu einem relevanten Ziel für mechanistische Studien zu transkriptionsassoziierten DNA-Schäden und neuronaler Vulnerabilität.

Das SETX CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des SETX-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des SETX-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von SETX nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die SETX-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von SETX-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der SETX-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf SETX-Exone abzielen, die für die SETX-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere SETX-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom SETX CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom SETX CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des SETX-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das SETX HDR-Plasmid (h) und SETX HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von SETX-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten SETX-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.