RNF40 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-404156

Übersicht

RNF40 kodiert eine RING-Finger-E3-Ubiquitin-Ligase, die mit RNF20 einen obligaten Heterodimer bildet und Histon H2B (H2BK120ub) monoubiquitiniert – eine zentrale Chromatinmodifikation, die die transkriptionelle Elongation mit epigenetischem Crosstalk zur H3K4- und H3K79-Methylierung verknüpft. Über diese Aktivität reguliert RNF40 RNA-Polymerase-II-abhängige Genexpressionsprogramme, die Chromatinzugänglichkeit sowie koordinierte DNA-Schadensantworten, die an Stellen von Replikationsstress oder Doppelstrangbrüchen auf Chromatin-Remodelling angewiesen sind. Die RNF40-abhängige H2B-Ubiquitinierung beeinflusst die Zellzykluskontrolle und linienspezifische transkriptionelle Netzwerke und ist damit relevant für Studien zur Genomstabilität und zur fehlregulierten Transkription, wie sie bei Krebs und anderen proliferativen Erkrankungen beobachtet wird. Veränderte RNF40-Signalgebung wurde zudem mit Veränderungen in entzündlichen und entwicklungsbezogenen Signalwegen in Verbindung gebracht, vermittelt durch eine kontextabhängige Kontrolle der Enhancer- und Promotorfunktion.

Das RNF40 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des RNF40-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des RNF40-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von RNF40 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die RNF40-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von RNF40-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der RNF40-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf RNF40-Exone abzielen, die für die RNF40-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere RNF40-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom RNF40 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom RNF40 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des RNF40-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das RNF40 HDR-Plasmid (h) und RNF40 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von RNF40-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten RNF40-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.