PPPDE1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h): sc-412095

Übersicht

PPPDE1 (in manchen Kontexten auch als DESI2 bezeichnet) kodiert ein konserviertes, deubiquitinase-/peptidaseähnliches Protein, das an der posttranslationalen Regulation von Proteinstabilität und Signalübertragung durch Modifikation ubiquitinähnlicher Konjugate beteiligt ist. Durch die Beeinflussung der Proteostase und des Abbaus zentraler regulatorischer Proteine kann PPPDE1 zelluläre Prozesse wie Stressantworten, Zellzykluskontrolle sowie Signalwege der membran- und zytosolischen Proteinkontrolle beeinflussen. Eine veränderte PPPDE1-Expression und eine dysregulierte ubiquitinabhängige Signalgebung wurden in krebs- und entzündungsrelevanten Zusammenhängen beschrieben, was PPPDE1 als geeigneten Knotenpunkt für mechanistische Untersuchungen onkogener Signalwege und der zellulären Homöostase unterstreicht. Die Untersuchung eines PPPDE1-Loss-of-Function kann helfen, Abhängigkeiten von Signalwegen und nachgeschaltete Substrate in humanen Zellen zu definieren.

Das PPPDE1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) ist ein Pool von Plasmiden, die für die gezielte Disruption des DESI2-Gens in human-Zelllinien entwickelt wurden. Jedes Plasmid koexprimiert eine einzigartige Single-Guide-RNA (sgRNA), die auf eine bestimmte Stelle innerhalb des DESI2-Gens abzielt, zusammen mit der Streptococcus pyogenes Cas9-Nuklease. Die Plasmide kodieren zudem für GFP, was die fluoreszente Identifizierung und Anreicherung erfolgreich transfizierter Zellen mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie ermöglicht.

Das Multi-Guide-Design erhöht die Wahrscheinlichkeit, dass Insertionen oder Deletionen (Indels) entstehen, die den offenen Leserahmen von DESI2 nach der Cas9-vermittelten Bildung von Doppelstrangbrüchen unterbrechen. Durch das CRISPR/Cas9-System verursachte DNA-Brüche werden über endogene NHEJ-Wege (Non-Homologous End Joining) repariert, was häufig zu Frameshift-Mutationen führt, die die PPPDE1-Proteinexpression aufheben.

Dieses CRISPR-Knockout-System ermöglicht die effiziente Erzeugung von DESI2-defizienten Zellmodellen zur Untersuchung der PPPDE1-Signalübertragung, für funktionelle Genomstudien, in der Krebsbiologieforschung sowie zur Bewertung therapeutischer Reaktionen in menschlichen Zelllinien.

Hauptmerkmale

• sgRNAs, die auf DESI2-Exone abzielen, die für die PPPDE1-Funktion entscheidend sind
  Ko-Expression von SpCas9 und sgRNA aus einem einzigen Plasmid zur vereinfachten Verabreichung
  GFP-Reporter zur Identifizierung transfizierter Zellen
  Pool von Plasmiden, die auf mehrere DESI2-Genomstellen abzielen, um die Knockout-Effizienz zu verbessern
  Kompatibel mit der Verabreichung durch Transfektion

Designvarianten

CRISPRs +/- HDRs

• gRNAs, die vom PPPDE1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h) und vom PPPDE1 CRISPR/Cas9-KO-Plasmid (h2) kodiert werden, zielen auf unterschiedliche Stellen innerhalb des DESI2-Lokus ab. Es kann ein oder beide Targeting-Designs verfügbar sein. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.
  HDR-Donorkonstrukte, kodiert durch das PPPDE1 HDR-Plasmid (h) und PPPDE1 HDR-Plasmid (h2) kodiert, enthalten eine Puromycin-Resistenzkassette und einen RFP-Reporter, flankiert von DESI2-Homologiearmen, um die homologe Reparatur an definierten DESI2-Zielstellen entsprechend den CRISPR/Cas9-KO-Designs zu unterstützen. Die Verfügbarkeit von HDR-Donoren kann variieren. Siehe „Verwandte Produkte“ für Verfügbarkeit.

Nur für Forschungszwecke. Nicht für diagnostische oder therapeutische Zwecke bestimmt.