4921501E09Rik Plásmido CRISPR/Cas9 KO (m): sc-428698

Descripción general

El gen murino 4921501E09Rik codifica una proteína en gran medida no caracterizada, con una anotación funcional limitada, y la evidencia actual sugiere que podría participar en programas fundamentales de homeostasis celular más que en una vía canónica bien definida. Como ocurre con muchos genes de cDNA de RIKEN, 4921501E09Rik se estudia con frecuencia para esclarecer relaciones genotipo‑fenotipo en el desarrollo, la diferenciación tisular y las respuestas adaptativas al estrés mediante enfoques de perturbación genética. Los patrones de expresión a nivel de transcrito en distintos tejidos y contextos experimentales lo convierten en un objetivo útil para cartografiar redes regulatorias e identificar conexiones entre vías mediante cribados no sesgados. Aclarar la función de 4921501E09Rik puede respaldar estudios mecanísticos en modelos murinos de rasgos complejos, en los que loci con escasa anotación pueden contribuir a fenotipos relevantes para la enfermedad sin implicar un papel clínico directo.

El plásmido CRISPR/Cas9 KO 4921501E09Rik (m) es un conjunto de plásmidos diseñado para la interrupción selectiva del gen 4921501E09Rik en líneas celulares mouse. Cada plásmido del conjunto coexpresa un ARN guía específico (sgRNA) único, dirigido a un sitio distinto dentro del locus 4921501E09Rik, junto con la nucleasa Cas9 de Streptococcus pyogenes, y codifica GFP para permitir la identificación fluorescente y el enriquecimiento de las células transfectadas con éxito. Esta estrategia multiguía aumenta la probabilidad de inducir desplazamientos de marco de lectura o deleciones que produzcan una inactivación funcional, ofreciendo una alternativa más robusta a los enfoques de guía única. Las DSB inducidas en múltiples sitios se resuelven mediante unión de extremos no homólogos (NHEJ) o, cuando se utiliza con la plantilla donante HDR incluida, mediante reparación dirigida por homología (HDR) en un sitio diana definido dentro del locus.

Cuando se utiliza junto con el donante HDR que expresa RFP, la fluorescencia de GFP y RFP puede utilizarse conjuntamente para distinguir las poblaciones de células transfectadas de las editadas, lo que agiliza los flujos de trabajo de clasificación y selección de clones basados en citometría de flujo.

Donante de reparación dirigida por homología (HDR) — Casete de puromicina con reportero RFP

Para aplicaciones que requieren clones knockout confirmados y seleccionables, el plásmido HDR 4921501E09Rik (m) incluye un constructo donante HDR que contiene un casete de resistencia a la puromicina (PuroR) y un reportero de proteína fluorescente roja (RFP), flanqueado por brazos de homología específicos de un sitio diana definido 4921501E09Rik.
Cuando se cotransfecciona con el plásmido 4921501E09Rik CRISPR/Cas9 KO (m):

• El casete PuroR-RFP se integra en el sitio de corte de Cas9 mediante HDR, interrumpiendo el marco de lectura abierto 4921501E09Rik.
  La fluorescencia de la RFP proporciona un indicador visual inmediato del éxito de la integración, lo que permite la identificación o clasificación basada en la fluorescencia de las células editadas antes o junto con la selección con puromicina.
  Las células editadas con éxito se confirman mediante la resistencia a la puromicina, lo que reduce sustancialmente la carga de cribado de clones.
  Esta estrategia de selección es ideal para generar líneas celulares KO clonales estables para estudios funcionales posteriores, cribado de fármacos o desarrollo de modelos.

Sistema de eliminación del casete Cre-lox

La construcción donante HDR cuenta con sitios loxP que flanquean el casete de selección PuroR-RFP para permitir la eliminación limpia del marcador tras la confirmación del clon. La expresión transitoria de la recombinasa Cre a través del vector Cre: sc-418923 incluido extirpa el casete, dejando un sitio loxP residual mínimo dentro del locus 4921501E09Rik y eliminando posibles efectos de confusión en los ensayos posteriores.
Este enfoque en dos pasos:

• Minimiza la alteración de la arquitectura local de la cromatina y de los elementos reguladores vecinos
  Restaura un contexto genómico casi nativo en el locus editado
  Permite reutilizar la estrategia de selección con puromicina en la misma línea celular para ediciones adicionales

Características principales

• gRNA dirigido a los exones 4921501E09Rik críticos para la función 4921501E09Rik
  Coexpresión de SpCas9 y sgRNA a partir de un único plásmido para una administración simplificada
  Donante HDR con resistencia a la puromicina para la selección positiva de clones
  Casete PuroR flanqueado por loxP con vector de recombinasa Cre para la eliminación sin fisuras del marcador
  Se suministra listo para su uso mediante transfección

Sólo para uso en investigación. No destinado a uso diagnóstico o terapéutico.