Gli inibitori chimici di ZNF546 possono ottenere un'inibizione funzionale attraverso vari punti di intervento nelle vie di segnalazione che modulano l'attività di questa proteina. PD 98059 e U0126 sono due di questi inibitori che hanno come bersaglio specifico la MAP chinasi chinasi (MEK), un enzima responsabile dell'attivazione della chinasi regolata dal segnale extracellulare (ERK). Impedendo a MEK di fosforilare ERK, questi inibitori impediscono indirettamente l'attivazione di ZNF546, supponendo che la funzione di ZNF546 sia regolata attraverso la via MAPK/ERK. Analogamente, GW5074 opera un passo più a monte come inibitore della chinasi Raf-1, anch'essa parte della via MAPK/ERK. Inibendo la chinasi Raf-1, GW5074 interrompe l'attivazione di MEK e di conseguenza di ERK, portando all'inibizione di ZNF546 se la sua attività dipende da questa cascata di segnalazione.
Su un altro asse, SP600125 e SB203580 hanno come bersaglio rispettivamente la c-Jun N-terminal kinase (JNK) e la p38 MAP kinase. L'inibizione di queste chinasi da parte di SP600125 e SB203580 può bloccare la fosforilazione di substrati che possono regolare ZNF546, inibendo così la sua funzione. Inoltre, gli inibitori della PI3K, come LY294002 e Wortmannin, sopprimono la via PI3K/AKT, con conseguente riduzione dell'attività di AKT, una chinasi che potrebbe essere necessaria per l'attivazione di ZNF546. La triciribina inibisce specificamente AKT, impedendo ulteriormente l'attivazione di ZNF546 se la sua funzione è AKT-dipendente. Anche PP2, che inibisce le tirosin-chinasi della famiglia Src, può determinare l'inibizione funzionale di ZNF546 bloccando gli eventi di fosforilazione che potrebbero essere cruciali per la sua attivazione. Infine, PD168393 e Dasatinib agiscono inibendo rispettivamente la tirosin-chinasi dell'EGFR e diverse tirosin-chinasi.
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