ZNF546の化学的阻害剤は、このタンパク質の活性を調節するシグナル伝達経路の様々なポイントに介入することにより、機能阻害を達成することができる。PD98059とU0126は、細胞外シグナル制御キナーゼ(ERK)の活性化に関与する酵素であるMAPキナーゼキナーゼ(MEK)を特異的に標的とする2つのそのような阻害剤である。MEKがERKをリン酸化するのを阻止することによって、これらの阻害剤は間接的にZNF546の活性化を阻止し、ZNF546の機能がMAPK/ERK経路を介して制御されていると仮定する。同様に、GW5074は、MAPK/ERK経路の一部でもあるRaf-1キナーゼ阻害剤として、さらに上流で作用する。Raf-1キナーゼを阻害することで、GW5074はMEK、ひいてはERKの活性化を阻害し、ZNF546の活性がこのシグナル伝達カスケードに依存している場合には、その阻害につながる。
別の軸では、SP600125とSB203580は、それぞれc-Jun N末端キナーゼ(JNK)とp38 MAPキナーゼを標的とする。SP600125とSB203580によるこれらのキナーゼの阻害は、ZNF546を制御する基質のリン酸化を阻害し、それによってその機能を阻害することができる。さらに、LY294002やWortmanninなどのPI3K阻害剤は、PI3K/AKT経路を抑制し、ZNF546の活性化に必要なキナーゼであるAKTの活性を低下させる。トリシリビンはAKTを特異的に阻害し、ZNF546の機能がAKT依存性であれば、その活性化をさらに妨げる。Srcファミリーのチロシンキナーゼを阻害するPP2もまた、ZNF546の活性化に重要かもしれないリン酸化事象を阻害することによって、ZNF546の機能阻害をもたらすことができる。最後に、PD168393とダサチニブは、それぞれEGFRチロシンキナーゼといくつかのチロシンキナーゼを阻害することによって作用する。
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