ZNF543 può indurre la sua attività attraverso una serie di vie di segnalazione intracellulare. La forskolina, aumentando i livelli di AMP ciclico intracellulare (cAMP), attiva la protein-chinasi A (PKA), che può fosforilare e attivare ZNF543. Il meccanismo è simile a quello dell'isoproterenolo e del dibutirril-cAMP, che aumentano entrambi i livelli di cAMP, attivando successivamente la PKA e aumentando lo stato di fosforilazione di ZNF543. Il fattore di crescita epidermico (EGF) agisce attraverso un meccanismo diverso, legandosi al suo recettore EGFR e avviando una cascata che attiva la via MAPK/ERK, culminando nella fosforilazione e nell'attivazione di ZNF543. Il forbolo 12-miristato 13-acetato (PMA) stimola la protein chinasi C (PKC), un'altra chinasi che può fosforilare una serie di substrati tra cui ZNF543, alterandone l'attività.
L'attivazione di ZNF543 include quelle mediate da variazioni dei livelli di calcio intracellulare. La ionomicina aumenta le concentrazioni di calcio all'interno delle cellule, che possono attivare chinasi calcio-dipendenti in grado di modificare ZNF543. Anche la bradichinina aumenta i livelli di calcio intracellulare attraverso i suoi recettori accoppiati a proteine G e la conseguente produzione di inositolo trisfosfato (IP3), che può portare all'attivazione di ZNF543. L'insulina innesca la via PI3K/Akt che può fosforilare varie proteine, portando probabilmente a modifiche di ZNF543. Il cloruro di litio agisce indirettamente inibendo GSK-3β, influenzando la via di segnalazione Wnt e portando probabilmente all'attivazione di ZNF543. Il butirrato di sodio altera la struttura della cromatina, potenzialmente aumentando la capacità di ZNF543 di legare il DNA. Infine, la calicolina A contribuisce a mantenere lo stato fosforilato delle proteine inibendo le fosfatasi proteiche che notoriamente de-fosforilano proteine come ZNF543.
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