Gli inibitori chimici di ZNF358 includono una varietà di composti che mirano a specifiche vie di segnalazione e processi cellulari. La staurosporina, un potente inibitore delle protein-chinasi, può inibire ZNF358 bloccando gli eventi di fosforilazione necessari, poiché la fosforilazione è un meccanismo di regolazione comune per la funzione delle proteine. Analogamente, dasatinib, inibendo le tirosin-chinasi della famiglia Src, può impedire la fosforilazione della tirosina che ZNF358 potrebbe richiedere per la sua attività. Il bortezomib agisce con un meccanismo diverso, inibendo il proteasoma, portando potenzialmente a un accumulo di proteine ubiquitinate e inibendo ZNF358 se la sua funzione è regolata dalla degradazione proteasomica. La chelerythrina e l'H-89 hanno come bersaglio rispettivamente la protein chinasi C (PKC) e la protein chinasi A (PKA), che possono diminuire l'attività di ZNF358 se queste chinasi sono regolatori a monte di ZNF358.
Le vie PI3K/Akt e MAPK/ERK sono fondamentali per la regolazione di numerose proteine e gli inibitori di queste vie possono inibire indirettamente ZNF358. LY294002 e wortmannin, entrambi inibitori di PI3K, possono inibire ZNF358 interrompendo la via PI3K/Akt che ZNF358 può utilizzare. PD98059 e U0126 sono inibitori specifici di MEK, che possono inibire l'attivazione di ERK, riducendo potenzialmente l'attività di ZNF358 se si trova a valle della via MAPK/ERK. SB203580 e SP600125 inibiscono rispettivamente la p38 MAP chinasi e la JNK, che possono ridurre l'attività di ZNF358 se è modulata da vie di segnalazione regolate da queste chinasi. L'inibizione di queste chinasi comporta l'interruzione delle rispettive cascate di segnalazione, che possono portare a una riduzione dell'attività di ZNF358 se è un effettore a valle. La rapamicina, che ha come bersaglio la via mTOR, può influenzare ZNF358 inibendo una delle principali vie di crescita e proliferazione cellulare in cui ZNF358 potrebbe essere coinvolto.
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