Gli inibitori chimici della proteina Tim22 funzionano interrompendo i processi mitocondriali essenziali per la sua attività di importazione delle proteine. L'antimicina A, ad esempio, ha come bersaglio il Complesso III della catena di trasporto degli elettroni, ostacolando la respirazione mitocondriale e la generazione di ATP, da cui Tim22 dipende per la traslocazione delle proteine. Con un meccanismo simile, l'oligomicina A e l'oligomicina si legano all'ATP sintasi, bloccando la produzione di ATP e privando così Tim22 dell'energia necessaria al suo funzionamento. Anche la venturicidina A inibisce l'ATP sintasi, ma lo fa ostacolando la traslocazione del protone attraverso la regione F_o, fondamentale per la sintesi dell'ATP. Questa azione si traduce in un ridotto apporto di ATP, inibendo così la funzione di Tim22.
Inoltre, la CCCP agisce come un protonoporo per dissipare il gradiente protonico che è fondamentale per mantenere il potenziale di membrana che Tim22 utilizza per il suo meccanismo di importazione delle proteine. L'aurovertina B, legandosi alla subunità β della F_1-ATPasi, impedisce la formazione di ATP, influenzando l'attività traslocativa di Tim22. La concanamicina A interrompe i gradienti protonici inibendo l'ATPasi di tipo V, con un risultato simile a quello della CCCP. Il Rotenone e la Piericidina A inibiscono entrambi il Complesso I, riducendo il gradiente protonico necessario per la sintesi di ATP, che a sua volta influisce sull'attività di Tim22. Infine, l'acido bongkrekico e l'atovaquone disturbano la funzione di Tim22 attraverso i loro effetti sul traslocatore del nucleotide adenina e sul Complesso III, rispettivamente ostacolando lo scambio ADP/ATP attraverso la membrana interna mitocondriale o interferendo con la componente del citocromo b, entrambi fondamentali per la sintesi di ATP e, di conseguenza, per il funzionamento di Tim22.
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