Gli inibitori chimici di QCR10 hanno come bersaglio vari componenti della catena di trasporto degli elettroni mitocondriali (ETC), in cui questa proteina è un partecipante chiave. L'antimicina A agisce legandosi al sito Q_i del complesso del citocromo bc1, dove si trova la QCR10, bloccando così il trasferimento di elettroni dall'ubichinolo al citocromo c1. Questa azione determina l'inibizione dell'attività del complesso del citocromo bc1 associata a QCR10. Analogamente, il Myxothiazol inibisce il QCR10 attaccandosi al sito Q_o della subunità del citocromo b all'interno dello stesso complesso, bloccando il trasferimento di elettroni dalla proteina ferro-zolfo di Rieske al citocromo c1. La stigmatellina si rivolge anche al sito di ossidazione dell'ubichinolo del complesso del citocromo bc1, ostacolando il percorso di trasferimento degli elettroni e, di conseguenza, il ruolo di QCR10 in questo processo. Questi inibitori interrompono di fatto la funzione critica di QCR10 nell'ETC mitocondriale, ostacolando il normale flusso di elettroni attraverso il complesso.
Oltre agli inibitori diretti del complesso bc1, altre sostanze chimiche ostacolano indirettamente la funzione di QCR10 diminuendo il flusso di elettroni verso il complesso in cui opera questa proteina. L'atpenina A5 e la carbossina inibiscono il complesso II, riducendo l'apporto di elettroni ai complessi a valle, compreso il complesso del citocromo bc1 che ospita QCR10. Il tenoiltrifluoroacetone interrompe varie deidrogenasi, determinando una riduzione dell'apporto di elettroni all'ETC e, per estensione, al QCR10. Anche il Rotenone e la Piericidina A, inibendo il complesso I, diminuiscono il flusso di elettroni alla QCR10. Lo zinco piritione agisce in più punti all'interno dell'ETC, con conseguente riduzione del flusso di elettroni verso il QCR10. Il celastrolo altera la funzione mitocondriale in senso lato, interessando l'intera ETC e riducendo di conseguenza la capacità funzionale del QCR10. Infine, la tetraciclina ostacola la sintesi proteica mitocondriale, che può portare a un assemblaggio e a una funzione non ottimali dei complessi ETC, compreso quello associato all'attività di QCR10.
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