Gli inibitori chimici di PACS-1b funzionano attraverso vari meccanismi che interrompono le capacità di smistamento e di traffico della proteina all'interno della cellula. La wortmannina, ad esempio, ha come bersaglio le fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), essenziali per la formazione delle vescicole, e inibendo le PI3K impedisce il corretto funzionamento di PACS-1b nel traffico delle vescicole. Dyngo-4a e MiTMAB sono inibitori della dinamina; impediscono la scissione delle vescicole rivestite di clatrina, essenziale per i processi di endocitosi ed esocitosi che PACS-1b regola. Pitstop 2, un altro inibitore, blocca specificamente l'endocitosi mediata dalla clatrina impedendo l'interazione tra la clatrina e le sue proteine adattatrici, che sono cruciali per la formazione delle vescicole rivestite di clatrina e quindi per il ruolo di PACS-1b in questi processi. Allo stesso modo, Exo1 interrompe il complesso esocista, che è fondamentale per il legame delle vescicole alla membrana plasmatica, un passaggio necessario per la via esocitica in cui è coinvolto PACS-1b.
D'altra parte, la brefeldina A altera la struttura dell'apparato di Golgi, influenzando direttamente lo smistamento delle proteine associate a PACS-1b nella rete trans-Golgi. Il golgicida A inibisce specificamente il fattore di resistenza BFA 1 (GBF1) del Golgi, determinando la cessazione del traffico vescicolare mediato da ARF dal Golgi, un'altra via in cui PACS-1b è fondamentale. ML141, un inibitore della GTPasi Cdc42, insieme a EHOp-016 e CID 1067700, che hanno come bersaglio rispettivamente la GTPasi Rac1 e ARHGAP21, interrompono l'organizzazione del citoscheletro di actina. Questa organizzazione è fondamentale per il movimento delle vescicole, da cui PACS-1b dipende per la sua funzione. Infine, SecinH3 e SMIFH2 inibiscono le citoesine e la famiglia di proteine formin, coinvolte nella polimerizzazione dell'actina e nella riorganizzazione del citoscheletro. L'interruzione dei processi di trasporto vescicolare derivante da queste inibizioni influisce sulle funzioni di smistamento e traffico di PACS-1b, mostrando l'ampio spettro di meccanismi che gli inibitori chimici possono utilizzare per modulare la funzione di questa proteina.
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