Gli inibitori dell'MHC di classe IIβ, come descritto in precedenza, comprendono un insieme eterogeneo di sostanze chimiche che funzionano prevalentemente influenzando le vie e i processi cellulari che circondano la presentazione dell'antigene da parte dell'MHC di classe II, piuttosto che colpire direttamente la proteina stessa. Queste sostanze chimiche spesso interferiscono con l'intricato meccanismo cellulare coinvolto nell'elaborazione e nella presentazione degli antigeni, determinando una riduzione o un'alterazione dell'attività dell'MHC di classe II.
Ad esempio, la clorochina e la leupeptina possono ostacolare l'elaborazione dell'antigene manipolando rispettivamente l'acidificazione endosomiale e la degradazione delle proteine. La brefeldina A e la monensina, invece, agiscono sui meccanismi di trasporto della cellula, limitando la presenza dell'MHC di classe II sulla superficie cellulare e quindi influenzando la presentazione dell'antigene. Alcune di queste sostanze chimiche, come la ciclosporina A e la rapamicina, sono note per i loro profondi effetti sull'attivazione e la proliferazione delle cellule T, influenzando indirettamente le risposte immunitarie mediate dalla classe MHC II. Altri inibitori, come l'MG-132 e l'epossomicina, colpiscono specificamente i proteasomi, componenti essenziali della via di elaborazione dell'antigene.
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