Inibitori come Wortmannin e LY294002 agiscono sulle fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), regolatori fondamentali delle vie di segnalazione intracellulari legate alla crescita, alla proliferazione e alla sopravvivenza. L'inibizione della PI3K porta a un'interruzione della segnalazione a valle che può avere un impatto sulla funzione e sulla regolazione delle proteine. La rapamicina, legandosi al target meccanico della rapamicina (mTOR), influenza la sintesi e la degradazione delle proteine, alterando così il tasso di turnover delle proteine, tra cui LOC284023. I composti che hanno come bersaglio la via MAPK/ERK, come U0126, SB203580 e PD98059, possono portare a profili di espressione genica alterati e modificare le risposte allo stress cellulare, con effetti a valle sulla funzione o sulla stabilità di varie proteine. Gli inibitori della via JNK, come SP600125, sono noti per influenzare la risposta cellulare allo stress, che potrebbe influenzare l'espressione e la funzione delle proteine coinvolte nella risposta ai cambiamenti ambientali.
Gli inibitori del proteasoma, come Bortezomib e MG132, interrompono la degradazione delle proteine marcate con ubiquitina, portando potenzialmente a un aumento dei livelli di alcune proteine, che possono interferire con il normale turnover e la funzione delle proteine. ZM447439, inibendo le chinasi Aurora, influisce sull'allineamento e sulla segregazione cromosomica durante la mitosi, influenzando le proteine associate alla divisione cellulare. Dasatinib, attraverso l'inibizione delle chinasi della famiglia Src, ha un ampio impatto sulle vie di segnalazione dell'adesione cellulare, della crescita e della differenziazione, che potrebbero modulare la funzione e la stabilità delle proteine. Gefitinib, un inibitore della tirosin-chinasi dell'EGFR, influisce sulla segnalazione dei fattori di crescita, che è fondamentale per regolare l'espressione e la funzione delle proteine.
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