Gli inibitori chimici del recettore 3 di KDEL mirano a vari aspetti della funzione cellulare per interrompere il ruolo della proteina nel riciclaggio delle proteine residenti nel reticolo endoplasmatico (ER) dall'apparato del Golgi all'ER. La brefeldina A e la monensina interferiscono rispettivamente con la formazione delle vescicole e con i gradienti cationici, essenziali per il corretto funzionamento dell'apparato di Golgi. L'interruzione causata da queste sostanze chimiche porta a una compromissione della capacità del recettore KDEL 3 di passare dal Golgi all'ER, inibendo così la sua capacità di riciclaggio delle proteine. La tunicamicina e la castanospermina hanno come bersaglio i processi di glicosilazione e gli enzimi glucosidasi, fondamentali per il ripiegamento e il traffico delle glicoproteine. Poiché il recettore KDEL 3 è una proteina transmembrana che dipende dalla corretta glicosilazione per la sua funzione, questi inibitori possono compromettere la capacità del recettore di legarsi alle proteine e di riciclarle. Analogamente, la Swainsonina e la Deossinojirimicina inibiscono gli enzimi coinvolti nell'elaborazione dei glicani, il che può portare a un ripiegamento e a una localizzazione errata delle glicoproteine, compreso il recettore KDEL 3, ostacolando la sua normale funzione di riciclo.
Altri inibitori come la thapsigargina, che altera l'omeostasi del calcio nell'ER, possono influenzare l'affinità di legame e il riciclo del recettore KDEL 3 a causa di livelli di calcio alterati. Gli agenti che alterano i microtubuli, come la colchicina e il nocodazolo, inibiscono direttamente il recettore KDEL 3 impedendo il suo traffico lungo la rete dei microtubuli, essenziale per il suo movimento e la sua funzione intracellulare. La bafilomicina A1 e la clorochina innalzano il pH all'interno dei compartimenti intracellulari, influenzando il legame e il rilascio del ligando dipendente dal pH, cruciale per il processo di riciclo del recettore 3 della KDEL. Infine, EerI induce lo stress ER e la risposta alle proteine dispiegate, portando a un accumulo di proteine mal ripiegate nell'ER. Questo stress può inibire efficacemente la funzione del recettore KDEL 3, sovraccaricandolo di un eccesso di proteine da riciclare e impedendo così il suo ruolo nel mantenimento dell'omeostasi dell'ER.
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