Le HkRP3 utilizzano diversi meccanismi molecolari per modulare l'attività della proteina. La forskolina, aumentando i livelli di AMP ciclico intracellulare (cAMP), influenza direttamente l'attivazione dell'adenilato ciclasi, elevando di conseguenza il cAMP nelle cellule. Questo aumento dei livelli di cAMP può attivare la proteina chinasi A (PKA), che a sua volta fosforila le proteine bersaglio, tra cui l'HkRP3, determinandone l'attivazione. Analogamente, il dibutirril-cAMP, un analogo del cAMP permeabile alle cellule, suscita una risposta analoga attivando direttamente la PKA, promuovendo nuovamente la fosforilazione e l'attivazione di HkRP3. IBMX contribuisce a questa via mediata dal cAMP inibendo le fosfodiesterasi che degradano il cAMP, sostenendo così l'attività della PKA e la conseguente fosforilazione di HkRP3.
L'attivazione della protein chinasi C (PKC) da parte del forbolo 12-miristato 13-acetato (PMA) potrebbe portare alla fosforilazione diretta dell'HkRP3 se questo rientra nella gamma dei substrati della PKC. La ionomicina e l'A-23187, che aumentano i livelli di calcio intracellulare, possono attivare le chinasi calmodulina-dipendenti che potrebbero fosforilare HkRP3. L'acido okadaico e la caliculina A, inibitori delle fosfatasi proteiche 1 e 2A, impediscono la de-fosforilazione delle proteine, mantenendo potenzialmente HkRP3 in uno stato fosforilato e attivo. Anche l'anisomicina, attivando le protein chinasi attivate dallo stress (SAPK), potrebbe contribuire alla fosforilazione e alla conseguente attivazione di HkRP3. La tapigargina, attraverso l'inibizione della pompa SERCA, provoca un aumento del calcio citosolico che può attivare le chinasi che fosforilano HkRP3. L'epigallocatechina gallato (EGCG) può attivare le chinasi proteiche che possono fosforilare e attivare HkRP3, mentre gli ioni Zn^2+ sono in grado di attivare alcune chinasi, che possono influire sullo stato di fosforilazione e sull'attività di HkRP3.
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