Gli inibitori chimici di Herc1 funzionano principalmente attraverso l'ostruzione della via ubiquitina-proteasoma, un meccanismo cellulare che Herc1 utilizza per marcare le proteine indesiderate o danneggiate per la degradazione. L'MG132, ad esempio, funge da potente inibitore reversibile del proteasoma, impedendo così la degradazione delle proteine che Herc1 ha marcato con l'ubiquitina. Ciò porta a un accumulo di queste proteine all'interno della cellula, inibendo funzionalmente Herc1, bloccando il tipico turnover e la regolazione dei livelli proteici che normalmente gestisce. Allo stesso modo, l'epossomicina agisce come inibitore selettivo e irreversibile del proteasoma, mirando alla stessa via di degradazione e determinando un'analoga inibizione dell'attività di Herc1, impedendo la degradazione dei suoi substrati ubiquitinati.
La lattacistina e il bortezomib condividono il meccanismo di inibizione del proteasoma: la lattacistina si lega covalentemente al proteasoma 20S e il bortezomib utilizza la sua parte di acido boronico per inibire il proteasoma 26S. Queste interazioni determinano il blocco delle funzioni proteolitiche che tipicamente degradano le proteine marcate Herc1. Carfilzomib, Oprozomib e Marizomib, tutti inibitori irreversibili del proteasoma, determinano analogamente l'inibizione funzionale di Herc1 garantendo che le proteine ubiquitinate non vengano degradate, interferendo così con il ruolo di Herc1 nel mantenimento della proteostasi cellulare. Ixazomib, Delanzomib e Nelfinavir si legano e inibiscono l'attività del proteasoma, il che influisce direttamente sulla funzionalità di Herc1 impedendo la degradazione proteasomica su cui si basa. Il Withaferin A, un altro inibitore del proteasoma, funziona in modo analogo, impedendo il processo di degradazione delle proteine bersaglio di Herc1. Infine, il disulfiram è in grado di inibire la via di degradazione proteasomica, che inibisce indirettamente Herc1 causando un accumulo di proteine che Herc1 ha marcato per la degradazione, bloccando così le attività regolatorie della proteina all'interno della cellula.
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