Gli inibitori chimici di ESX1 possono ottenere l'inibizione funzionale attraverso diverse vie molecolari. La staurosporina, un inibitore di chinasi ad ampio spettro, può inibire le chinasi che possono fosforilare ESX1 o i suoi co-regolatori, impedendo così a ESX1 di svolgere il suo ruolo nella regolazione della trascrizione. Analogamente, la bisindolilmaleimide I, che inibisce specificamente la proteina chinasi C (PKC), può ridurre la fosforilazione delle proteine che regolano l'attività di ESX1. La funzione di ESX1 può essere inibita anche da H-89, un inibitore della protein chinasi A (PKA), in grado di prevenire gli eventi di fosforilazione PKA-dipendenti che potrebbero essere cruciali per le funzioni regolatorie di ESX1. LY294002, in quanto inibitore di PI3K, regola la segnalazione di AKT, che a sua volta può ridurre l'attività dei fattori di trascrizione e dei co-regolatori coinvolti in ESX1, portando a una diminuzione dell'attività di ESX1.
Inoltre, PD98059 e U0126, entrambi inibitori di MEK nella via MAPK, possono impedire l'attivazione di ERK. L'inibizione di questa via può sopprimere l'attività dei fattori di trascrizione coinvolti in ESX1, con conseguente inibizione funzionale. Rapamicina e AZD8055, inibitori di mTOR, possono interrompere le condizioni cellulari favorevoli all'attività di ESX1, come la sintesi proteica e altri processi legati alla crescita, inibendo così funzionalmente ESX1. Inoltre, SB203580 e SP600125, che inibiscono rispettivamente p38 MAPK e JNK, possono impedire l'impatto regolatorio di queste chinasi sui fattori di trascrizione che controllano l'attività di ESX1. Infine, Dasatinib e PP2, entrambi inibitori delle chinasi della famiglia Src, possono diminuire la fosforilazione dei substrati all'interno della rete di regolazione di ESX1, ostacolando così la funzione di ESX1.
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