Gli inibitori chimici del CYP2J11 agiscono attraverso vari meccanismi per ostacolare la funzione dell'enzima. La terfenadina e il miconazolo esercitano i loro effetti colpendo rispettivamente i canali del potassio e il ferro eme dell'enzima. La terfenadina è nota per bloccare i canali del potassio hERG, che sono modulati dai prodotti del CYP2J11, portando a una riduzione dell'attività dell'enzima. Il miconazolo, invece, si lega direttamente al sito attivo del CYP2J11, il gruppo eme, vanificando il normale processo di metabolizzazione. Il ketoconazolo utilizza un approccio simile coordinandosi al gruppo eme all'interno del CYP2J11, interrompendo l'attività dell'enzima. Il montelukast agisce indirettamente: abbassa i livelli di leucotrieni, diminuendo la disponibilità di substrato per il CYP2J11 e riducendo di conseguenza l'attività dell'enzima.
Altri inibitori, come il danazolo, il clotrimazolo e la ticlopidina, interferiscono con il CYP2J11 in vari modi. Il danazolo compete con i substrati naturali per il sito di legame sul CYP2J11, riducendo la capacità dell'enzima di metabolizzare i suoi substrati effettivi. Il clotrimazolo ostacola la funzione dell'enzima legandosi al ferro eme, essenziale per l'attività metabolica. La ticlopidina ha un meccanismo unico: forma un metabolita reattivo che si lega irreversibilmente al CYP2J11, determinando un'inibizione prolungata. Il dietilditiocarbammato, il cloramfenicolo, il sulfinpirazone, il fenilbutazone e il propiltiouracile inibiscono ciascuno il CYP2J11 attraverso le loro interazioni con il sito attivo dell'enzima o con il gruppo eme. Il dietilditiocarbammato agisce come agente chelante, legandosi al ferro eme e interferendo con le reazioni catalizzate dal ferro eme, essenziali per la funzione dell'enzima. Il cloramfenicolo si lega al sito attivo, ostacolando l'attività catalitica. Il sulfinpirazone e il fenilbutazone inibiscono entrambi per inibizione competitiva, entrando direttamente in competizione con i substrati del CYP2J11. Infine, il propiltiouracile inibisce la capacità ossidante dell'enzima, influenzando il metabolismo dei substrati da parte del CYP2J11.
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