Gli inibitori chimici di Cyp2c68 possono interagire con l'enzima in vari modi per ottenere l'inibizione. Il miconazolo, ad esempio, si lega direttamente al ferro eme all'interno del sito attivo di Cyp2c68, che è un componente critico per la sua attività enzimatica. Occupando questo sito, il miconazolo impedisce efficacemente il corretto funzionamento dell'enzima. Analogamente, il ketoconazolo agisce agganciandosi al gruppo eme di Cyp2c68, ostacolando così la capacità dell'enzima di metabolizzare i suoi substrati. Il sulfenazolo agisce come inibitore competitivo selettivo; assomigliando ai substrati naturali di Cyp2c68, compete per il legame al sito attivo, impedendo ai substrati reali di accedere al centro catalitico dell'enzima.
Inoltre, alcune sostanze chimiche possono causare un'inibizione irreversibile di Cyp2c68. Ad esempio, la ticlopidina viene metabolizzata in composti che si legano covalentemente a Cyp2c68, determinando un tipo di inibizione permanente. Il fenilbutazone compete con i substrati di Cyp2c68 per il legame, mentre il metossalene forma un legame covalente con il sito attivo, che porta all'inibizione irreversibile dell'enzima. Anche i metaboliti dell'omeprazolo, in particolare la sulfenamide, si legano irreversibilmente alla componente eme di Cyp2c68, inattivando l'enzima. Il cloramfenicolo ottiene l'inibizione posizionandosi nel sito attivo di Cyp2c68, impedendo all'enzima di interagire con i suoi substrati. Altri composti, come l'isoniazide, si legano direttamente al sito attivo di Cyp2c68 e ne interrompono la normale funzione. L'1-aminobenzotriazolo è un altro potente inibitore irreversibile che si lega covalentemente al ferro eme di Cyp2c68, determinando un'inibizione prolungata. Il fluconazolo inibisce Cyp2c68 prendendo di mira il gruppo eme, un componente essenziale per l'attività catalitica dell'enzima. Infine, il clotrimazolo si lega al ferro eme nel sito attivo di Cyp2c68 e inibisce l'attività dell'enzima bloccando l'accesso dei substrati al centro catalitico. Ciascuna di queste sostanze chimiche utilizza un meccanismo distinto per inibire Cyp2c68, ma tutte determinano una diminuzione della funzione dell'enzima attraverso l'interazione con il gruppo eme o il sito attivo, impedendo la normale elaborazione metabolica dei substrati da parte dell'enzima.
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