Gli inibitori di CTPS2 comprendono una serie di composti chimici che attenuano indirettamente l'attività di questa proteina manipolando le vie di sintesi dei nucleotidi e i livelli dei metaboliti cellulari. Ad esempio, attraverso l'inibizione di enzimi cruciali per l'utilizzo della glutammina, un donatore di azoto vitale nel processo di sintesi della CTP, la funzione di CTPS2 viene indirettamente ostacolata a causa della ridotta disponibilità di questo substrato. Ciò è esemplificato anche dai composti che agiscono come antimetaboliti della glutammina, i quali, ostacolando gli enzimi glutammino-dipendenti, diminuiscono la glutammina accessibile, limitando così inavvertitamente l'attività catalitica di CTPS2. Analogamente, l'intromissione nella sintesi de novo delle pirimidine da parte di enzimi come la diidroorotato deidrogenasi determina un deficit di nucleotidi pirimidinici, che a sua volta provoca un'inibizione a feedback che limita l'attività di CTPS2. Inoltre, gli agenti che inibiscono l'inosina monofosfato deidrogenasi e la ribonucleotide reduttasi alterano l'omeostasi dei pool di nucleotidi, influenzando i meccanismi di feedback regolatori a cui CTPS2 è soggetto, portando alla sua inibizione indiretta. Queste interruzioni si manifestano come squilibri nei livelli di GTP, dGTP e altri desossiribonucleotidi, che possono ostacolare in modo significativo la funzione di CTPS2 all'interno della cellula.
Inoltre, l'inibizione indiretta di CTPS2 può essere realizzata con l'utilizzo di composti che influenzano la sintesi di timidilato e nucleotidi purinici, in quanto tali disturbi possono innescare una cascata di inibizioni a feedback che influiscono sull'attività di CTPS2. Anche l'incorporazione di analoghi nucleosidici nelle vie di sintesi nucleotidica può ottenere questa inibizione, in quanto possono portare alla deplezione o all'accumulo del pool di dCTP, a seconda del loro meccanismo d'azione, che influenza poi CTPS2 attraverso processi di regolazione a feedback. In particolare, gli antagonisti della glutammina servono a inibire indirettamente CTPS2 compromettendo la disponibilità di glutammina per la produzione di CTP da UTP, dimostrando l'intricata interazione tra le vie metaboliche e la regolazione delle attività enzimatiche.
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