Gli inibitori di CHCHD8, pur non avendo come bersaglio diretto la proteina, agiscono interrompendo vari processi cellulari da cui CHCHD8 dipende per il suo corretto funzionamento. Uno dei meccanismi chiave attraverso cui queste sostanze chimiche agiscono è la compromissione della funzione mitocondriale, sia attraverso l'inibizione diretta dei componenti della catena di trasporto degli elettroni, come nel caso del rotenone, dell'antimicina A e dell'azoturo di sodio, sia attraverso l'interruzione del potenziale di membrana mitocondriale e della sintesi di ATP, come nel caso dell'oligomicina e del CCCP. Questi composti diminuiscono efficacemente la produzione di energia all'interno dei mitocondri, che è fondamentale per il mantenimento dell'integrità e della funzione mitocondriale, un processo a cui il CHCHD8 è strettamente associato.
Inoltre, altri composti come il 2-deossi-D-glucosio e il paraquat impongono uno stress metabolico inibendo la glicolisi o inducendo stress ossidativo, rispettivamente. Questo stress metabolico può avere effetti a valle sulla salute mitocondriale, influenzando così la funzione del CHCHD8. Composti come la tunicamicina e la brefeldina A interferiscono con la modificazione e il traffico delle proteine, processi essenziali per l'omeostasi delle proteine mitocondriali, che possono influire indirettamente sul ruolo di CHCHD8 in questi processi.
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