Gli inibitori chimici di CELF5 agiscono attraverso vari meccanismi per impedire la sua funzione nell'elaborazione dell'RNA. La leptomicina B, ad esempio, ha come bersaglio l'esportina 1 (CRM1), una proteina chiave nella via di esportazione nucleare. Inibendo CRM1, la leptomicina B può causare la ritenzione nucleare di CELF5, impedendole di svolgere i suoi ruoli tipici nel citoplasma. Analogamente, il mitoxantrone, attraverso l'intercalazione con il DNA e l'inibizione della topoisomerasi II, interrompe la sintesi e la riparazione del DNA. Questa alterazione dell'ambiente nucleare può influenzare indirettamente CELF5 modificando i meccanismi di controllo post-trascrizionale che richiedono l'attività di CELF5. Un altro inibitore, l'alfa-amanitina, inibisce direttamente la RNA polimerasi II, cruciale per la sintesi dell'mRNA, riducendo così la disponibilità di substrati di RNA per CELF5, che a sua volta influisce sulle attività di legame ed elaborazione dell'RNA di CELF5. Anche l'actinomicina D si lega al DNA, ma lo fa a livello del complesso di iniziazione della trascrizione, impedendo l'allungamento della catena di RNA da parte della RNA polimerasi, con conseguente riduzione dei substrati di RNA necessari per la funzione di CELF5.
Per quanto riguarda gli inibitori della trascrizione, DRB e Flavopiridol inibiscono la trascrizione mediata dall'RNA polimerasi II, il che può ridurre la trascrizione degli RNA che la CELF5 è destinata a legare e regolare, inibendo così la sua funzione. La camptotecina e l'etoposide, entrambi inibitori della topoisomerasi, causano danni al DNA, che possono interrompere i processi di trascrizione e quindi ostacolare l'interazione di CELF5 con i trascritti di RNA. L'ampia inibizione delle RNA polimerasi I, II e III da parte del triptolide e l'inibizione selettiva delle DNA polimerasi alfa e delta da parte dell'afidicolina determinano una diminuzione generale della sintesi di RNA, influenzando il pool di molecole di RNA su cui la CELF5 può agire. La cordycepina, grazie alla sua somiglianza strutturale con l'adenosina, agisce come terminatore di catena durante la sintesi di RNA, riducendo la lunghezza e la quantità di trascritti di RNA per il legame e la regolazione di CELF5. Infine, la stabilizzazione di ICRF-193 del complesso clivabile della topoisomerasi II determina un'inibizione trascrizionale, che può inibire indirettamente CELF5 interferendo con la maturazione dei trascritti di RNA che CELF5 regola tipicamente.
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