Gli inibitori di BRWD3 costituiscono una classe diversificata di sostanze chimiche che hanno come bersaglio principale i bromodomini e modificano i modelli di acetilazione degli istoni, influenzando potenzialmente le interazioni e la funzione di BRWD3. Gli inibitori delle bromodomini, come JQ1 e I-BET151, si legano specificamente alla tasca di riconoscimento dell'acetil-lisina all'interno delle bromodomini. Questo legame può compromettere la capacità di BRWD3 di riconoscere e legarsi alle lisine acetilate sugli istoni o su altre proteine, un aspetto fondamentale della sua modalità di interazione proteina-proteina.
Gli inibitori delle istone deacetilasi, come VPA e SAHA, rappresentano un altro segmento di inibitori di BRWD3. Questi composti aumentano i livelli complessivi di acetilazione degli istoni. Gli istoni acetilati possono servire come siti di aggancio per le proteine che possiedono bromodomini. Pertanto, un aumento dell'acetilazione degli istoni potrebbe portare a un cambiamento del panorama delle interazioni proteina-proteina per BRWD3. D'altra parte, composti come GSK126 e UNC1999 inibiscono l'attività metiltrasferasi di enzimi come EZH2.
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