Plasmide CRISPR/Cas9 KO RNF40 (h): sc-404156

Présentation

RNF40 code une ligase E3 à doigt RING qui forme un hétérodimère obligatoire avec RNF20 afin de monoubiquitiner l’histone H2B (H2BK120ub), une modification clé de la chromatine reliant l’élongation transcriptionnelle au dialogue épigénétique avec la méthylation de H3K4 et de H3K79. Par cette activité, RNF40 régule des programmes d’expression génique dépendants de l’ARN polymérase II, l’accessibilité de la chromatine et des réponses coordonnées aux dommages de l’ADN qui reposent sur le remodelage de la chromatine aux sites de stress réplicatif ou de cassures double brin. L’ubiquitination de H2B dépendante de RNF40 influence le contrôle du cycle cellulaire et des réseaux transcriptionnels spécifiques de lignée, ce qui la rend pertinente pour l’étude de la stabilité du génome et de la dérégulation transcriptionnelle observée dans le cancer et d’autres troubles prolifératifs. Une altération de la signalisation de RNF40 a également été associée à des modifications des voies inflammatoires et du développement via un contrôle dépendant du contexte du fonctionnement des enhancers et des promoteurs.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO RNF40 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène RNF40 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du RNF40, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert RNF40 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine RNF40.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en RNF40 pour l'étude de la signalisation de RNF40, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de RNF40 essentiels à la fonction de RNF40
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de RNF40 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le RNF40 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le RNF40 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus RNF40. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le RNF40 plasmide HDR (h) et le RNF40 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie RNF40 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles RNF40 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.