Plasmide CRISPR/Cas9 KO HYPB (h): sc-402789

Présentation

SETD2, également connu sous le nom de HYPB, code la principale méthyltransférase des histones responsable de la triméthylation de la lysine 36 de l’histone H3 (H3K36me3) au niveau des corps des gènes activement transcrits. Cette modification coordonne l’élongation transcriptionnelle avec le traitement co‑transcriptionnel des ARN, l’organisation de la chromatine et le recrutement de la machinerie de réparation de l’ADN, reliant ainsi l’activité de SETD2 au maintien de la stabilité du génome. La marque H3K36me3 dépendante de SETD2 contribue également à orienter le choix de la voie de réparation lors de la recombinaison homologue et favorise une dynamique correcte des fourches de réplication. Les altérations de la fonction de SETD2 et la perturbation des profils de méthylation de H3K36 sont fréquemment étudiées dans le contexte de la dérégulation épigénétique oncogénique, du stress transcriptionnel et des défauts de réponse aux dommages de l’ADN.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO HYPB (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène SETD2 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du SETD2, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert SETD2 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine HYPB.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en SETD2 pour l'étude de la signalisation de HYPB, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de SETD2 essentiels à la fonction de HYPB
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de SETD2 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le HYPB plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le HYPB plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus SETD2. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le HYPB plasmide HDR (h) et le HYPB (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie SETD2 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles SETD2 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.