Plasmide CRISPR/Cas9 KO ALKBH6 (h): sc-407122

Présentation

ALKBH6 code un membre de la famille AlkB des dioxygénases dépendantes du Fe(II)/2‑oxoglutarate, un groupe de protéines surtout connu pour sa chimie de déméthylation oxydative des acides nucléiques et de métabolites apparentés. Bien qu’ALKBH6 reste moins bien caractérisé que d’autres paralogues ALKBH, il est étudié dans le contexte des réponses cellulaires au stress d’alkylation, du maintien de l’intégrité du génome et de la régulation de processus liés aux modifications des acides nucléiques. La dérégulation des composants de la voie AlkB est fréquemment examinée pour ses liens avec la charge mutationnelle, le stress de réplication et des altérations des paysages de modifications de l’ARN/de l’ADN dans le cancer et d’autres affections associées à l’instabilité génomique. Les modèles de perturbation d’ALKBH6 soutiennent des études mécanistiques sur la signalisation de la réponse aux dommages de l’ADN, le choix des voies de réparation et les conséquences transcriptionnelles ou épitranscriptomiques en aval.

Le plasmide CRISPR/Cas9 KO ALKBH6 (h) est un ensemble de plasmides conçus pour la disruption ciblée du gène ALKBH6 dans les lignées cellulaires human. Chaque plasmide co-exprime un ARN guide unique (sgRNA) ciblant un site distinct au sein du ALKBH6, ainsi que la nucléase Cas9 de Streptococcus pyogenes. Les plasmides codent également pour la GFP, ce qui permet l'identification par fluorescence et l'enrichissement des cellules transfectées avec succès par microscopie à fluorescence ou cytométrie en flux.

La conception multi-guide augmente la probabilité de générer des insertions ou des délétions (indels) qui perturbent le cadre de lecture ouvert ALKBH6 à la suite de la formation de cassures double brin médiées par Cas9. Les cassures d'ADN introduites par le système CRISPR/Cas9 sont réparées par des voies endogènes de jonction non homologue (NHEJ), ce qui entraîne fréquemment des mutations par décalage du cadre de lecture qui suppriment l'expression de la protéine ALKBH6.

Ce système de knock-out CRISPR permet la génération efficace de modèles cellulaires déficients en ALKBH6 pour l'étude de la signalisation de ALKBH6, les études de génomique fonctionnelle, la recherche en biologie du cancer et l'évaluation des réponses thérapeutiques dans des lignées cellulaires humaines.

Caractéristiques principales

• sgRNA ciblant le ou les exons de ALKBH6 essentiels à la fonction de ALKBH6
  Co-expression de SpCas9 et de sgRNA à partir d'un seul plasmide pour une administration simplifiée
  Rapporteur GFP pour l'identification des cellules transfectées
  Pool de plasmides ciblant plusieurs sites génomiques de ALKBH6 pour améliorer l'efficacité du knock-out
  Compatible avec l'administration par transfection

Variantes de conception

CRISPR +/- HDR

• Les gRNA codés par le ALKBH6 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h) et le ALKBH6 plasmide CRISPR/Cas9 KO (h2) ciblent des sites distincts au sein du locus ALKBH6. Une ou les deux conceptions de ciblage peuvent être disponibles. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.
  Les constructions donneuses HDR codées par le ALKBH6 plasmide HDR (h) et le ALKBH6 (h2) contiennent une cassette de résistance à la puromycine et un rapporteur RFP flanqué de bras d'homologie ALKBH6 pour permettre la réparation dirigée par homologie au niveau de sites cibles ALKBH6 définis correspondant aux conceptions CRISPR/Cas9 KO. La disponibilité des donneurs HDR peut varier. Voir les produits associés pour connaître la disponibilité.

Réservé à la recherche. N'est pas destiné à un usage diagnostique ou thérapeutique.