Les inhibiteurs chimiques du ZNF100 peuvent exercer leurs effets inhibiteurs par divers mécanismes, interrompant des processus cellulaires essentiels auxquels cette protéine participe. Le paclitaxel, en stabilisant les microtubules, peut perturber la division cellulaire, un processus fondamental pour la fonction de diverses protéines, dont le ZNF100. Dans les cellules où ZNF100 est impliqué dans les fonctions mitotiques, la prévention du désassemblage des microtubules empêche effectivement la protéine de contribuer à la division cellulaire. De même, l'étoposide et la camptothécine, en ciblant respectivement les topoisomérases II et I de l'ADN, provoquent des lésions de l'ADN et l'arrêt du cycle cellulaire qui s'ensuit. Cela affecte les cellules qui dépendent du ZNF100 pour la régulation du cycle cellulaire ou la réponse aux dommages de l'ADN, inhibant ainsi indirectement la fonction de la protéine. La mitomycine C contribue à cette série d'inhibiteurs par sa capacité à réticuler l'ADN, entravant ainsi les processus de réplication et de transcription essentiels à l'activité du ZNF100.
Dans le domaine de l'homéostasie des protéines, le MG132 et le bortézomib perturbent la voie du protéasome, entraînant une accumulation de protéines polyubiquitinées. Cette accumulation peut avoir des effets particulièrement néfastes sur des protéines comme le ZNF100 si celui-ci est impliqué dans la régulation de la protéostase, ce qui entraîne une inhibition fonctionnelle. Le cycloheximide vient s'ajouter à cette catégorie en inhibant la biosynthèse des protéines, empêchant ainsi la synthèse de ZNF100 dans les cellules en division active. L'inhibition des histones désacétylases par la trichostatine A modifie l'architecture de la chromatine et l'expression des gènes, ce qui peut inhiber le ZNF100 si sa fonction dépend de l'expression d'un ensemble spécifique de gènes. La chloroquine, qui affecte l'acidification lysosomale, peut également perturber la fonction du ZNF100 si la protéine dépend des voies de dégradation lysosomale pour sa régulation.
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