Les inhibiteurs de ZIP9 agissent par le biais de divers mécanismes ciblant l'activité de transport d'ions, les rôles de signalisation cellulaire ou les interactions protéiques impliquant ZIP9. Le TPEN et le DTPA agissent comme de puissants chélateurs du zinc, affectant directement la fonction principale du ZIP9, à savoir le transport du zinc. De même, la nifédipine et le vérapamil inhibent les canaux calciques de type L, modifiant ainsi l'équilibre zinc/calcium que le ZIP9 vise à maintenir. Cette modification peut entraîner une altération de la fonction du ZIP9. La bafilomycine A1 cible la V-ATPase pour modifier le pH endosomal, ce qui a un impact sur la fonctionnalité du ZIP9 dans le transport du zinc à partir des compartiments endosomaux. Le FCCP, un protonophore, mine la membrane mitochondriale et on a observé qu'il interférait indirectement avec la fonction du ZIP9.
Bien que le ZIP9 ait été largement étudié pour son rôle de transporteur de zinc, sa participation à d'autres fonctions cellulaires n'est pas à négliger. La rapamycine inhibe mTOR, une voie qui régule la synthèse des protéines, et il a été observé qu'elle régule indirectement le ZIP9. W-7 et KN-93 agissent en inhibant l'interaction de ZIP9 avec la calmoduline et CaMKII, respectivement, ce qui affecte son rôle dans la signalisation cellulaire. TAPI-1 cible ADAM17, qui régule l'élimination de ZIP9, affectant ainsi les niveaux de ZIP9. La staurosporine cible la protéine kinase C (PKC), ce qui a un impact sur le ZIP9 en inhibant les événements de phosphorylation dépendant de la PKC qui peuvent moduler le ZIP9. Enfin, la chlorpromazine est un antagoniste des récepteurs de la dopamine dont il a été démontré qu'il interférait avec les capacités de liaison des androgènes du ZIP9. Ces inhibiteurs permettent de mieux comprendre les rôles multidimensionnels de ZIP9 et les diverses voies auxquelles il participe.
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