L'activation du WDR31 est étroitement liée à la modulation des voies de signalisation intracellulaires. Certains composés à petites molécules peuvent renforcer l'activité de la WDR31 en augmentant les seconds messagers intracellulaires tels que l'AMPc. Cette augmentation de l'AMPc est obtenue soit par la stimulation directe de l'adénylyl cyclase, soit par l'inhibition des phosphodiestérases, enzymes qui dégradent l'AMPc. L'augmentation des niveaux d'AMPc qui en résulte peut activer la protéine kinase A (PKA), qui phosphoryle alors des substrats spécifiques, dont le WDR31. Cette phosphorylation favorise l'activation fonctionnelle du WDR31, lui permettant de participer plus efficacement à ses rôles cellulaires. En outre, les analogues de l'AMPc capables de traverser les membranes cellulaires servent également à activer la PKA, créant ainsi un état d'activation durable qui renforce encore la fonction du WDR31.
Outre l'axe AMPc-PKA, l'activité de la WDR31 est également modulée par des voies de signalisation dépendantes du calcium. Les composés qui agissent comme des ionophores ou des activateurs de canaux calciques augmentent la concentration intracellulaire de calcium, qui à son tour peut activer un spectre de protéines kinases dépendantes du calcium. Ces kinases sont capables de phosphoryler le WDR31, renforçant ainsi son activité. Parallèlement, l'inhibition des protéines phosphatases, qui devraient normalement contrecarrer l'activité kinase en déphosphorylant les substrats, entraîne une augmentation nette de la forme phosphorylée et active du WDR31. Ces inhibiteurs de phosphatases garantissent que le WDR31 reste dans un état activé en empêchant l'élimination des groupes phosphates, ce qui maintient l'activité de la protéine et favorise son rôle au sein de la cellule.
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