Les inhibiteurs du protéasome, tels que le MG132, le bortézomib et l'époxomicine, augmentent le nombre de protéines ubiquitinées en bloquant leur dégradation. Cette accumulation peut indirectement augmenter la demande d'activité de l'UBE2Z, car la cellule tente de gérer l'excès de substrats ubiquitinés. De même, des composés comme TAK-243, qui inhibent l'enzyme activatrice d'ubiquitine E1, entraînent une accumulation de protéines conjuguées à l'ubiquitine qui peut également nécessiter une action accrue de l'UBE2Z pour maintenir l'homéostasie cellulaire. L'activité de l'UBE2Z est également indirectement affectée par la thalidomide, la lénalidomide et la pomalidomide. Ces agents modulent la spécificité des substrats des ligases E3, modifiant potentiellement le paysage de l'ubiquitination et les types de protéines que l'UBE2Z aide à marquer avec de l'ubiquitine. En influençant la sélection des substrats pour l'ubiquitination, ils peuvent indirectement augmenter la charge de travail catalytique de l'UBE2Z.
Plus loin dans la voie ubiquitine-protéasome, le MLN4924 perturbe l'activation de NEDD8, une protéine analogue à l'ubiquitine qui régule l'activité des ligases cullin-RING. Cette interférence peut entraîner des changements dans le processus d'ubiquitination qui peuvent indirectement impliquer l'activité de l'UBE2Z en raison d'une dynamique altérée dans la disponibilité et le renouvellement des substrats. Les inhibiteurs des déubiquitinases, tels que IU1, qui cible USP14, conduisent à l'accumulation de protéines ubiquitinées en empêchant leur désubiquitination, ce qui peut à nouveau augmenter les exigences fonctionnelles imposées à l'UBE2Z. Les inhibiteurs de l'autophagie comme la chloroquine contribuent à l'augmentation des niveaux de substrats ubiquitinés, ce qui peut indirectement accroître la nécessité de l'activité de conjugaison de l'ubiquitine de l'UBE2Z.
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