Les inhibiteurs chimiques de TRIM64C ont pour fonction d'entraver le rôle de la protéine dans diverses voies de dégradation des protéines en ciblant les mécanismes par lesquels elle opère. Le MG132, la lactacystine, le bortézomib et l'époxomicine sont tous des inhibiteurs qui affectent directement le protéasome, un complexe responsable de la dégradation des protéines qui ont été marquées pour être détruites, souvent par ubiquitination, un processus dans lequel TRIM64C est impliqué. Le MG132 est un aldéhyde peptidique qui inhibe le protéasome de manière réversible, tandis que la Lactacystine se lie de manière irréversible à la sous-unité catalytique du protéasome, ce qui entraîne une inhibition plus permanente. Le bortézomib, un acide boronique dipeptidique, cible spécifiquement le protéasome 26S et l'époxomicine inhibe sélectivement l'activité chymotrypsine-like du protéasome. Chacun de ces inhibiteurs entraîne l'accumulation de protéines que TRIM64C a marquées pour la dégradation, entravant ainsi efficacement la fonction de TRIM64C dans la voie de dégradation protéasomale.
Outre les inhibiteurs protéasomiques, d'autres produits chimiques ciblent différents aspects des voies de dégradation des protéines impliquant TRIM64C. La chloroquine et la bafilomycine A1 perturbent toutes deux la dégradation lysosomale, la chloroquine augmentant le pH à l'intérieur des lysosomes et la bafilomycine A1 inhibant la H+-ATPase de type vacuolaire (V-ATPase) responsable de l'acidification des lysosomes. De même, la concanamycine A inhibe également la V-ATPase. L'E64 et la Leupeptine sont des inhibiteurs des protéases à cystéine et à sérine, respectivement, l'E64 étant un inhibiteur irréversible qui pourrait bloquer le clivage des protéines post-ubiquitination par TRIM64C. La 3-méthyladénine inhibe l'autophagie en empêchant la formation d'autophagosomes, un processus qui peut être utilisé pour la dégradation des protéines marquées par TRIM64C. L'ALLN, ou inhibiteur de la calpaïne I, entrave la fonction des protéases de la calpaïne, qui peuvent être impliquées dans le processus de dégradation des substrats de TRIM64C. Enfin, Z-VAD-FMK est un inhibiteur de caspases à large spectre qui peut entraver la fonction des caspases, des enzymes qui peuvent participer à la dégradation des protéines pendant l'apoptose.
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