Les inhibiteurs chimiques de la TMTC2 peuvent utiliser diverses stratégies pour réduire l'activité de cette protéine en influençant les niveaux de calcium intracellulaire et les voies de signalisation du calcium dont dépend la fonction de la TMTC2. Le chlorure de calcium, par exemple, augmente les concentrations intracellulaires de calcium, ce qui peut conduire à l'inhibition du TMTC2 lorsqu'un excès de calcium déclenche l'arrêt de son activité. De même, le BAPTA agit comme un chélateur du calcium pour abaisser les niveaux de calcium intracellulaire, ce qui risque d'inhiber le TMTC2 si sa fonction nécessite une liaison avec le calcium ou est régulée par les concentrations de calcium. Le rouge de ruthénium et le borate de 2-aminoéthoxydiphényle (2-APB) ciblent respectivement les canaux calciques et les récepteurs IP3 pour contrôler l'afflux et la libération de calcium à partir des réserves internes, ce qui peut inhiber le TMTC2 s'il fait partie d'une cascade de signalisation dépendante du calcium.
Outre la modulation directe du calcium, plusieurs produits chimiques ciblent des messagers secondaires et des enzymes qui sont essentiels pour les voies de signalisation médiées par le calcium. Le bisindolylmaleimide I et l'U73122 suppriment l'activité de la protéine kinase C (PKC) et de la phospholipase C, respectivement, qui sont toutes deux importantes pour l'activation des protéines en aval de la signalisation calcique. Si l'activité du TMTC2 dépend de la phosphorylation médiée par la PKC, l'inhibition de cette enzyme diminuera la fonction du TMTC2. La thapsigargin et l'acide cyclopiazonique inhibent l'ATPase Ca2+ du réticulum sarcoplasmique/endoplasmique (SERCA), entraînant un épuisement des réserves de calcium du RE, ce qui peut inhiber le TMTC2 en perturbant son homéostasie calcique. Le ML-7, en inhibant la chaîne légère de myosine kinase (MLCK), pourrait réguler à la baisse le TMTC2 si son activité est liée à la dynamique du cytosquelette contrôlée par la MLCK. Le W-7, un inhibiteur de la calmoduline, peut également inhiber le TMTC2 en bloquant les mécanismes de régulation dépendant de la calmoduline. Enfin, le SKF-96365 et la Xestospongine C, qui inhibent respectivement les canaux d'entrée du calcium médiés par les récepteurs et le récepteur IP3, démontrent également la possibilité d'inhiber le TMTC2 en entravant les composants essentiels des mécanismes de signalisation calcique susceptibles de réguler sa fonction.
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