Les inhibiteurs chimiques de la TMEM9B agissent en interférant avec divers processus cellulaires essentiels à la localisation, à la stabilité et à l'activité de la protéine au sein de la cellule. La Brefeldine A, par exemple, perturbe le fonctionnement de l'appareil de Golgi, qui fait partie intégrante du traitement et du trafic des protéines transmembranaires telles que la TMEM9B, entraînant son dysfonctionnement. La génistéine, en tant qu'inhibiteur de tyrosine kinase, peut inhiber les événements de phosphorylation qui sont potentiellement cruciaux pour l'activation ou la fonction de TMEM9B. De même, Dynasore cible la GTPase dynamine, essentielle à l'endocytose, ce qui peut affecter le recyclage endocytique ou la dégradation de TMEM9B. U18666A et Filipin perturbent respectivement l'homéostasie du cholestérol et l'intégrité du radeau lipidique, ce qui peut modifier l'environnement membranaire dans lequel TMEM9B réside et est active. L'inhibition de la sphingomyélinase par le GW4869 modifie les niveaux de sphingomyéline et de céramides, ce qui a un impact supplémentaire sur les activités associées à la membrane de la TMEM9B.
En outre, des composés tels que la monensine et l'ionomycine affectent respectivement les gradients ioniques et les niveaux de calcium intracellulaire, ce qui peut influencer le pH et les voies de signalisation dépendantes du calcium qui sont pertinentes pour la fonction de la TMEM9B. Le Gö6976 inhibe la protéine kinase C, modifiant potentiellement l'état de phosphorylation de la TMEM9B ou de ses partenaires d'interaction, ce qui est nécessaire à l'activité de la TMEM9B. La nystatine, en se liant aux stérols membranaires, peut perturber la structure de la membrane et ainsi affecter la conformation et la fonction de la TMEM9B. Enfin, la tunicamycine inhibe la glycosylation liée à l'azote, une modification qui pourrait être cruciale pour le repliement, la stabilité ou le trafic de la TMEM9B, ce qui entraînerait son inhibition fonctionnelle.
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