Les inhibiteurs chimiques de Rpp25 peuvent entraver sa fonction dans les voies de traitement de l'ARN par divers moyens. L'alsterpaullone, un inhibiteur de la kinase cycline-dépendante, peut empêcher la phosphorylation nécessaire à l'activation des protéines au sein de la machinerie de traitement de l'ARN dans laquelle Rpp25 opère. De même, la roscovitine cible les kinases cycline-dépendantes pour empêcher les processus de phosphorylation essentiels, ce qui inhibe probablement le rôle de Rpp25 dans la maturation de l'ARN. Le 5,6-dichloro-1-bêta-D-ribofuranosylbenzimidazole (DRB) inhibe spécifiquement l'ARN polymérase II, qui est responsable de la transcription des précurseurs d'ARNm qui sont des substrats pour Rpp25, ce qui entraîne une diminution de l'activité fonctionnelle de Rpp25 en raison d'une disponibilité réduite des substrats. Le flavopiridol, un autre inhibiteur de kinases à large spectre, perturbe la phosphorylation de l'ARN polymérase II et des facteurs connexes, ce qui compromet probablement l'implication de Rpp25 dans le traitement de l'ARN.
Le triptolide et l'α-Amanitine sont de puissants inhibiteurs de l'ARN polymérase II, ce qui entraîne directement une réduction de la synthèse de l'ARN et donc une diminution des précurseurs de l'ARN qui nécessitent un traitement par Rpp25. L'actinomycine D, en s'intercalant dans l'ADN, empêche la transcription de l'ARN qui comprend l'ARN traité par Rpp25, inhibant ainsi la fonction principale de la protéine. La distamycine A se lie au sillon mineur de l'ADN, ce qui peut empêcher la liaison des facteurs de transcription et la transcription qui s'ensuit, réduisant ainsi l'ARN disponible pour le traitement par Rpp25. La mitoxantrone, par l'intermédiaire de l'intercalation de l'ADN et de l'inhibition de la Topoisomérase II, peut entraîner une diminution de la synthèse de l'ARN, inhibant indirectement Rpp25 en limitant son substrat. La cordycépine, un analogue de l'adénosine, met fin à la synthèse de l'ARN lors de son incorporation, limitant ainsi les niveaux d'ARN et inhibant les activités de traitement de l'ARN par Rpp25. L'homoharringtonine agit en inhibant la synthèse protéique à l'étape d'élongation de la traduction, ce qui peut indirectement inhiber Rpp25 en affectant l'efficacité du traitement de l'ARN cellulaire. Enfin, la tautomycine, en tant qu'inhibiteur des protéines phosphatases PP1 et PP2A, peut entraîner une modification de l'état de phosphorylation des protéines impliquées dans le traitement de l'ARN, ce qui pourrait inhiber la fonction de Rpp25 dans cette voie.
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