RAB6IP1 joue un rôle crucial dans la modulation de sa fonction en influençant son état d'activation. Le GTPγS, un analogue non hydrolysable du GTP, se lie à la RAB6IP1 et la maintient dans un état actif en empêchant l'hydrolyse du GTP qui devrait normalement désactiver la protéine. De même, le fluorure d'aluminium agit en imitant le γ-phosphate du GTP dans son état de transition, stabilisant ainsi RAB6IP1 dans sa conformation active. Le ligand naturel, le GTP, facilite également l'activation de RAB6IP1 en induisant un changement de conformation lors de la liaison. Le chlorure de magnésium soutient ce processus car les ions magnésium sont des cofacteurs essentiels qui permettent la liaison du GTP à RAB6IP1. Le chlorure de zinc peut renforcer l'activité GTPase de RAB6IP1, favorisant ainsi son activation, tandis que le chlorure de manganèse (II) sert de cofacteur pour les kinases qui peuvent phosphoryler les composants des voies de trafic, activant ainsi RAB6IP1.
Le farnésyl pyrophosphate et le géranylgeranyl pyrophosphate sont des substrats essentiels à la localisation correcte et à l'activation fonctionnelle de RAB6IP1 par farnésylation et géranylgeranylation, respectivement. Ces modifications permettent à RAB6IP1 de se fixer aux membranes cellulaires, ce qui est une condition préalable à son activation. La phosphatidylsérine, un composant du feuillet interne de la membrane plasmique, peut influencer la courbure de la membrane, facilitant potentiellement l'association membranaire de RAB6IP1 pendant la formation des vésicules. La Brefeldine A perturbe le cycle ARF-GTPase, conduisant indirectement à la modulation des voies de trafic vésiculaire impliquant RAB6IP1. Le chlorure de lithium influence l'activité de GSK-3β, ce qui peut affecter l'état de phosphorylation des protéines impliquées dans les voies où RAB6IP1 opère. Enfin, le nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+) sert de cofacteur aux sirtuines, qui peuvent avoir un impact sur les voies de trafic en désacétylant les protéines et en influençant l'efficacité du transport vésiculaire, ce qui conduit finalement à l'activation de RAB6IP1.
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